현재 서울지역본부에서만 관할하는 서울 내 지역으로는 동대문구, 종로구, 중구를 들 수 있다. 관할에 직접적으로 영향을 미치는 부서는 고용보험과 산재보험을 적용하는 업무를 맡은 가입지원1부~3부다. 이와 함께 서울지역본부를 구성하는 수많은 부서가 있다. 경영지원부와 산재의학센터를 비롯해 부정수급예방부, 복지사업부, 확정정산부, 재활보상1~2부, 송무1~2부다. 이들 부서는 지역 관할에 크게 묶이지 않는다. 서울 지역은 물론이고 경기도 일부, 강원도 지역까지 최종적으로는 서울지역본부에 보고되기 때문이다. 서울지역본부가 서울과 수도권의 중추적인 역할을 하고 있다고 해도 과언이 아니다.